東京都にある、数少ない国立農工大学である「あきる野農工大学」に通う、とある２人の工学部の学生がいた。機械工学科の３年生、武見里秀太（たけみざとひでた）と、彼の中学校来の友人である同科２年生、天利龍望（あまりたつみ）。

お人好しすぎる秀太と、やや粗暴なところがある龍望。凸凹しているコンビだが、２人はいつでも一緒である。

そんな２人が、ある出来事をきっかけに農学部所有の施設の管理をすることになる。施設の名前は「みなしごキャンパス」。訳あって人間不信となってしまった動物たちの世話をするために存在する施設である。

この施設の管理を通して秀太と龍望は、農学部獣医学科の教授である釧介（せんかい）やその助手、佐木（さき）、そして獣医学科の学生である和幸理寧（わこうことね）と出会い、穏やかではない大学生活を送っていくこととなる……

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